Sekolah Kebangsaan Sejagong pada mulanya merupakan sekolah cawangan Sekolah Kebangsaan Sri Sejati, Sri Medan, Batu Pahat, Johor. Jarak perjalanan sekolah ini dari pekan Sri Medan ialah kira-kira 15 kilometer dan 45 kilometer dari bandar Batu Pahat. Sekolah ini mula dibuka pada tahun 1967 dengan seramai 2 orang guru sementara yang berpengalaman mengajar dan mempunyai seramai 38 orang murid. Bangunan sekolah adalah dibina secara gotong-royong oleh penduduk tempatan. Terdapat dua peristiwa hitam yang telah menimpa sekolah ini iaitu yang pertama telah berlaku pada hari Sabtu bersamaan 8 Jun 1974 apabila sekolah ini telah dipanah petir. Kejadian kedua pula berlaku pada 9 Mac 1976 apabila bangunan telah roboh dipukul ribut. Selepas kejadian itu, satu tempat baru yang lebih sesuai telah dicari. Beberapa perbincangan telah diadakan yang melibatkan penduduk Kampung Sejagong, Kampung Parit Jayus 3 dan Kampung Parit Jayus 4. Usaha ini telah diketuai oleh En Hamzah bin Md Dali. Akhirnya pada tahun 1978 dengan keikhlasan Tuan Haji Salim dan Encik Kateron bin A.Alim telah menawarkan dan mewakafkan tanah seluas 2 ekar lebih untuk dijadikan tapak bagi bangunan sekolah yang baru. Tanah tersebut terletak di Parit Jayus 3 dan pembinaan sekolah baru bermula pada tahun 1978.
Pada 10 Januari 1979, bangunan baru yang kekal telah digunkan, yang mana sekolah ini mengandungi satu bilik pejabat, bilik guru, enam bilik darjah, satu bilik tayang, bilik sembahyang dan satu bangunan kantin. Perasmian bangunan ini telah dilakukan oleh Menteri Besar Johor ketika itu iaitu YAB Dato' Seri Ajib Bin Ahmad pada 8 Februari 1986. Sekolah ini telah dinamakan sebagai Sekolah Kebangsaan Sri Sejati (Cawangan).
Dari seramai 38 orang murid semuanya pada masa sekolah itu dibuka, ianya telah meningkat kepada 223 orang murid pada 2010 selain terdapat 45 orang murid pra sekolah. Jumlah tenaga pengajar di sekolah ini sekarang ialah 17 orang guru. Sekolah ini mula menjalankan pentadbirannya sendiri pada awal tahun 1991 iaitu berpisah pentadbiran daripada Sekolah Kebangsaan Sri Sejati. Semenjak itu sekolah itu telah menggunakan nama baru iaitu Sekolah Kebangsaan Sejagong
